در اسهال مرتبط با آنتی‌بیوتیک، معمولاً بایومکتا روزانه طبق دوز پیشنهادی روی جعبه یا تجویز پزشک مصرف می‌شود. برای کاهش تداخل، بهتر است بین مصرف ساشه و آنتی‌بیوتیک حدود ۲ تا ۳ ساعت فاصله گذاشته شود تا پروبیوتیک فرصت بقا و اثرگذاری در روده را داشته باشد. مدت مصرف بسته به شدت اسهال و طول دوره آنتی‌بیوتیک متفاوت است، اما غالباً ادامه مصرف تا چند روز پس از پایان آنتی‌بیوتیک توصیه می‌شود تا فلور مفید روده بهتر بازسازی شود. در صورت تشدید علائم، تب بالا، وجود خون در مدفوع یا نشانه‌های کم‌آبی، باید به پزشک مراجعه شود و مصرف خودسرانه ادامه نیابد.

پروبیوتیک‌ها در بیشتر کودکان و بزرگسالان سالم ایمن هستند و بایومکتا نیز در صورت مصرف طبق مقدار توصیه‌شده، معمولاً به خوبی تحمل می‌شود. با این حال، در کودکان خردسال، به‌ویژه زیر ۲ سال، تنظیم دوز و مدت مصرف باید توسط پزشک مشخص شود. در بیماران با نقص ایمنی، کسانی که تحت شیمی‌درمانی هستند، سابقه بیماری‌های شدید روده‌ای دارند یا پس از جراحی‌های بزرگ گوارشی قرار دارند، استفاده از هر نوع پروبیوتیک، از جمله بایومکتا، باید تنها با مشاوره مستقیم پزشک انجام شود. همچنین در بارداری و شیردهی، بهتر است قبل از شروع مصرف با پزشک یا داروساز مشورت شود تا با توجه به شرایط فردی، تصمیم‌گیری علمی و ایمن صورت گیرد.